Чарівна, чиста, юна, Маргарита (Ґретхен) є символом молодості і краси. Проте вона дитя свого часу, свого міста, парафіянка місцевої церкви, втілення філістерського середовища, її легко обдурює піп, який привласнює скриньку з коштовностями, дарунок Фауста. Та навіть обман не може похитнути віри Маргарити, вихованої за суворими релігійними законами. Бог для неї — недосяжний моральний ідеал: він завжди вгорі, він карає й милує. Бог Маргарити, милосердний і добрий, існує для всіх, хто сповідує правду й совість.

Маргарита уособлює цнотливість, простоту і природність. Вона наділена тонкою проникливістю та інтуїцією, яка анітрохи не слугує їй для самозбереження. Ґретхен безпомилково відчуває у Мефістофелеві ворога, бо він заперечує все, що вона цінує. Совість не дозволила їй піти за Фаустом, який хотів звільнити її з в’язниці. Без чистого сумління для неї немає свободи. Вона божеволіє, не здатна зрозуміти, чому її щире кохання стало причиною загибелі всієї родини.

У характері Ґретхен немає нічого героїчного, вона легко підкоряється чужій волі, керується почуттями, а не розумом. При всій психологічній витонченості в зображенні порухів її душі, Маргарита у творі виступає узагальненим образом жертовного кохання. Поза філософською стихією її трагедія близька до аналогічних драм в українській літературі — «Сердешної Оксани» Квітки-Основ’яненки, «Катерини» Шевченка.

Ґете так і не зміг поставити крапку в трагедії. Мабуть, у цьому виявилась мудрість поета, обережність думки, яка вагається, непевна, що знайшла абсолютну істину. Адже істина не однозначна і не обмежується цариною науки, чи «діла», чи кохання. Вона в синтезі усіх начал, в людині, в її невпинних пошуках і боротьбі.

Фабула твору не розкриває повністю його сенсу. За зовнішніми подіями криється глибокий внутрішній смисл трагедії. Він осягається, зокрема, через поетичну мову персонажів, яка передає найтонші відтінки їхніх роздумів і почуттів. Мова Фа-уста пронизана думкою, пристрастю, енергією, захопленням; мова Мефістофеля відбиває його бездуховність, сповнена сарказму та іронії. Глибоким ліризмом пройнята мова Ґретхен, її почуття виливаються в пісні.