У 80-х роках Франко створює ряд поем («Ex nihilo», 1885, «Святий Валентій», 1885), у яких проблематика духовного характеру виступає на перший план. Філософський монолог «Ex nihilo» («Монолог атеїста») задумувався письменником як твір із виразним суспільним (антиклерикальним) змістом. У ньому поетично викладалися філософсько-етичні засади атеїстичного світогляду, що набував, однак, гностичного забарвлення. Пафос твору відбивав позитивістську критику Бога згідно з ідеями незнищенності матерії й раціоналізмом людського духу (пізнання). Через знання, сумнів і критику геройнігіліст доходить висновку про принципову активність духовних потенцій людства. Таке трактування атеїстичного світогляду не тотожне нігілізмові, як стверджувала тодішня клерикальна критика. Заповнені трудом «воля і простір» суб’єктивного діяння полягають для героя-позитивіста в «сумніві, критиці і досліді правди», а не в нігілістичному запреченні Бога. Франко розгортає монолог, відтворюючи ритміку живого мовлення з його інерцією, повторами, логічними силогізмами, що передають безпосередній процес народнження думки. Враження розмовного стилю засвідчують, зокрема, постійні ритмічні переноси.

Аналіз новочасного гуманізму в зв’язку з християнським його трактуванням і гностицизмом Франко здійснює в поемі «Святий Валентій». Тема жертовності й егоїзму, співвідношення любові до ближніх і свободи індивідуальної волі накреслені в поемі на підставі легенди про житіє святого Валентія. Поему, як зазначав Франко в листі до Драгоманова, задумано як твір, що критикує антигуманні й антикультурні елементи християнства і має «ярко освітити антигуманні і антикультурні погляди християнської аскези».

Маючи намір стати професором Львівського університету, Франко в 1892 р. складає докторат у Відні у відомого славіста В. Ягича, попередньо прослухавши цикл лекцій і поповнивши свої знання зі славістики. Докторська дисертація Франка базувалася на дослідженні давньохристиянського роману «Варлаам і Йоасаф» та його літературної історії. Раніше Франко пропонував у Львівському університеті для здобуття докторського ступеня свої дослідження про політичну лірику Шевченка й творчість І. Вишенського, але обидві теми було відхилено. Перебування у Відні підготувало грунт для нового етапу творчості Франка. Вивчення стародруків, апокрифів, зацікавлення пам’ятками східної міфології, перекладацька діяльність поєднувалися у сфері художній із освоєнням новітніх форм, тем і способів письма. Серед нових його творів 90-х років – повість «Для домашнього огнища» (1892), поема «Цар і аскет» (1892), «Зів’яле листя» (1896), збірка морально-повчальної лірики «Мій Ізмарагд» (1898), низка оригінальних поем.

Важливими складниками художніх пошуків Франка були театр і драматургія. Починаючи з ранніх драматичних спроб, інтерес його до театру був постійний. А на початку 90-х років він замислюється над тим, щоб «кинутися головою на поле драматичне». Значну увагу театрові приділяв Франко і як критик. З огляду на особливу культурно-просвітницьку місію українського театру він розглядає його історію й еволюцію, типи конфліктів, які особливо популярні в українських драматургів, намагається обгрунтувати суспільно активну природу сучасного йому театру.

Перу письменника належить низка театрознавчих рецензій, статей, досліджень. Серед них «Руський театр» (1893), «Русько-український театр (Історичні обриси)» (1894), статті, присвячені творчості С. Гулака-Артемовського, М. Кропивницького, М. Старицького, Я. Кухаренка, К. Писанецького. Осмислюючи шляхи розвитку театру в Галичині й Наддністрянській Україні в широких зіставленнях із європейським театром і драматургією, Франко формулює такі визначальні, на його думку, принципи національного театру, як «підійми поступу і просвіти». Новий демократичний театр і нова драматургія мали давати «картину української громадськості» загалом, а не в окремих її верствах, представляти реальність у взаємних впливах різних суспільних груп, бути «документом часу» й пробуджувати в глядачів критичне ставлення до дійсності.

У своїй творчості Франко звертає основну увагу на «психологічну та історичну правду замість декораційного блиску». Уже ранні переклади «Антігони» й «Електри» Софокла, «Іліади» й «Одіссеї», шкільні драматичні розробки Франка («Югурта», «Славой і Хрудош», «Три князі на один престол») свідчили про освоєння поетики класичного типу, інтерес до старого й нового, романтичного й натуралістичного театру. В перших драматичних творах Франка виявилися прикметні ознаки його мислення – протиставлення різних, переважно контрастних моральних настанов, конфлікти, засновані на боротьбі за владу, мотиви зради, діалогізм як спосіб розгортання думки, ідея народу як могутньої сили в історії й носія гуманістичних ідеалів.

Пізніше теми з сучасного життя стали об’єктом драматичних творів «Рябина» (1886; 1893), «Майстер Чирняк» (1894), «Учитель» (1896), «Украдене щастя» (1893), «Будка, ч. 27» (1896). Історичній тематиці присвячено драми «Сон князя Святослава» (1895) та «Кам’яна душа» (1895).

На середину й кінець 90-х років припадають вершинні здобутки Франкової поетичної музи – створення ліричної драми «Зів’яле листя» (1896), поем «Похорон» (1898), «Іван Вишенський» (1900), збірки «Мій Ізмарагд» (1898).